A Skorpió és a Zodiákus átvette az irányítást az S.H.I.E.L.D. Helicarrier és Nick Fury felhívta az Ultimate Spiderman-et, hogy állítsa le őket és helyreállítsa a rendet. Spidey ügynök soha nem vesz komolyan valamit, de jó munkát végez a rosszfiúk lefaragásával, és mindig néhány snarky mondattal. Nick Fury lesz az óriási kommunikációban, amely hasznos tippeket és bosszantó ütéseket tart. Helyre kell állítania a mikrochipet, és vissza kell vonnia a Helicarrier irányítását.