A Gombák Királyságában véget ért a gokartszezon, így Mario és Peach Egyiptomba utazott, hogy eltöltsenek egy kellemes nyaralást. Mégis, ahogy az várható volt, Mario ismét bajba kerül, amikor felfedez egy ősi óriási fegyvert, amely aktiválja és két nagy lövedéket lő ki hősünk ellen. Az egyetlen módja a menekülésnek, ha fut, amíg meg nem találja a varázstárgyat, amely elpusztítja az óriási golyókat. De ez az elem jól el van rejtve, és hosszú út áll előtte, így Mariónak sok csapdából kell kiszabadulnia, zombikkal és múmiákkal kell szembenéznie, és biztonságos utat kell találnia a rengeteg akadály között.